船舶含油污水的来源主要是机舱舱底水和洗舱水。

(1)  机舱舱底水

船底水是指船舶在运输过程中，由于外板渗漏、舱口盖不够水密、管道渗漏、船尾及舵杆套筒填料箱渗漏以及温差引起的蒸汽凝结所造成的船底积水。

必须及时排除舱底水，否则会导致货物受潮变质，船体结构生锈，甚至可能危及船舶的行驶安全。常规的排水方法是在各舱舱底设置集水井，使污水沿下水道向其集中，并在集水井处装上吸水过滤器，与吸水管相通。当舱底水泵启动时，通过吸水管将舱底水抽走，并排放到船外。

舱底水中油相的来源通常是在对机舱动力装置及辅助设备(如泵、阀门、管道等)进行检修时，机器因泄漏或故障溢出的燃料油。而水相的来源通常是机舱冷却系统中泄漏的海水，或是蒸汽加热系统中泄漏的冷凝水。这些液体聚集到舱底污水井之后，共同形成了舱底含油污水。

船底水系统不仅可以排出日常的舱底水，而且能在船体因碰撞等原因出现破损时，从破口进入船舱的水能被及时排出。为此，舱底水系统除包括：舱底泵、舱底水总管、支管、吸口过滤器、分配阀箱、泥箱、污水分油器等设备外，还应备有应急排水接管，以便在机舱内发生水浸的紧急情况时，由主循环泵或主海水冷却泵通过应急排水支管排水。

（2）洗舱水

洗舱水通常是由油船用水或者清洗液清洗船舱时产生的。在维修或检查前，（比如说油船舶进坞维修；油舱临时维修；油舱内部检查等）必须对油箱、泵房和所有相关管道进行统一清洗，再进行除气操作。待舱内的油气浓度和含油量达到进舱作业的标准后才能进行作业，由此会产生大量的含油污水。而另一种情况，由于船舶运送的油类品种不同，在运输更高标准油种之前，也必须对货油舱进行清洗，以确保运送的油品质量。因此更换运油种类时也会产生大量的含油洗舱水。